В този случай предпочитам предварително да присвоя идентификатора на поддокумента (т.е. sub._id = ObjectId() или използвайте uuid пакет, ако предпочитате uuid):е ясен и предвидим.
Също така не забравяйте, че ако често правите заявки чрез идентификатор на поддокумент, е добре да добавите (използвайки ensureIndex() ) индекс за този случай на употреба в колекцията.