Опитайте следната заявка:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
Той ще намери документ с дадения _id и премахнете телефона +1786543589455 от неговия contact.phone масив.
Можете да използвате $unset за да отмените стойността в масива (задайте я на null ), но не и да го премахнете напълно.