Можете да опитате агрегирането по-долу.
Преобразувайте обекта в масив от двойки стойности на ключове, последвани от $unwind+$group за групиране по всеки ключ и натрупване на броя. Последна стъпка за връщане към наименуван обект с ключова стойност.
db.colname.aggregate([
{"$addFields":{"metrics":{"$objectToArray":"$metrics"}}},
{"$unwind":"$metrics"},
{"$group":{
"_id":{"id":"$player_id","key":"$metrics.k"},
"count":{"$sum":"$metrics.v"}
}},
{"$group":{
"_id":"$_id.id",
"metrics":{"$mergeObjects":{"$arrayToObject":[[["$_id.key","$count"]]]}}
}}
])