Аз също се сблъсках със същия проблем.
Проверете дали версията на Mongoose, която използвате, поддържа сървърната версия на MongoDb
Проверете съвместимостта на тази връзка:http://mongoosejs.com/docs/compatibility.html
Променете съответно версията на Mongoose във файла package.json.
Надявам се това да помогне!