Написахте добра и умна заявка за генериране на тези номера на редове, която избягва объркано решение с помощта на променливи на сесията. За да направите актуализацията, просто се присъединете към вашата таблица bomitems
към тази заявка:
UPDATE bomitems t1
INNER JOIN
(
SELECT
t.ID,
t.Parent,
(SELECT COUNT(*) FROM bomitems AS x WHERE x.id <= t.id AND x.Parent = t.Parent) AS Counter
FROM bomitems t
) t2
ON t1.ID = t2.ID
SET t1.Counter = t2.Counter;
Тествах тази заявка на моя локален MySQL Workbench и изглежда, че работи.