Можете да поставите префикс към имената на таблиците с името на базата данни, за да идентифицирате двете таблици с подобни имена. След това можете да използвате това напълно квалифицирано име на таблица, за да се обърнете към полетата с подобни имена.
Така че, без псевдоними:
select db1.table1.id, db1.table1.value1, db2.table1.value1
from db1.table1 inner join db2.table1 on db1.table1.id = db2.table1.id
и с псевдоними
select t1.id, t1.value1, t2.value1
from db1.table1 as t1 inner join db2.table1 as t2 on t1.id = t2.id
Може също да искате да поставите псевдоним на избраните колони, така че избраният ред да стане:
select t1.id as id, t1.value1 as value_from_db1, t2.value1 as value_from_db2
