Както е посочено тук от член на екипа за документация на MySQL:
It's not atomic. The records loaded prior to the error will be in the
table.
Работата е да импортирате данни в специална таблица и след това да изпълните INSERT INTO ... SELECT ...
което ще бъде атомна операция. При огромни набори от данни това е потенциален проблем поради дълга транзакция.