Благодарение на съвет от @AndyHayden, този отговор
беше уловката. Основно заменя mysqlconnector с mysqldb беше щифтът.
engine = create_engine('mysql+mysqldb://[user]:[pass]@[host]:[port]/[schema]', echo = False)
df.to_sql(name = 'my_table', con = engine, if_exists = 'append', index = False)
Където [schema] е името на базата данни, а в моя конкретен случай, :[port] се пропуска с [host] като localhost .