IMHO най-големият проблем с hibernate е:1. Проблеми с производителността в сравнение с Raw JDBC при големи обеми данни.2. сложни проблеми с картографирането, когато става въпрос за големи обектни графики и други подобни. бихте отделили много време за конфигуриране на вашия модел на домейн, за да работи правилно с хибернация.
другата алтернатива за вас е да използвате JDBC рамки на Spring, които ще ви дадат възможностите за сериализиране на обекти на хибернация с по-прецизен контрол върху JDBC заявките и са по-мащабируеми и по мое мнение много по-лесни за разработване