Току-що получих отговор от екипа на Fixie:
Когато попитах за възможността за използване на SOCKS за този случай, те отговориха:
Така че очевидно в моя случай няма начин да се установи връзка с MongoDB Atlas клъстер с помощта на mongoose чрез прокси решението, предлагано от Fixie (Heroku Add-on).