Едно решение може да бъде използването на ordered параметър на insert_many и го задайте на False (по подразбиране е True ):
my_collection.insert_many(to_insert, ordered=False)
Все пак ще трябва да обработите изключение, когато всички документи не могат да бъдат вмъкнати.
В зависимост от вашия случай на употреба можете да решите да pass , регистрирайте предупреждение или проверете изключението.