Условно групиране с $ съществува вътре в $cond

Използвайте $ifNull вместо $cond във вашия $project :

{ $project: {MyKey: {$ifNull: ['$A', '$B'] }}}

Ако A съществува и не е null ще се използва неговата стойност; в противен случай стойността на B се използва.