В Flask преобразувайте формата POST обект в представяне, подходящо за mongodb

>>> from werkzeug.datastructures import ImmutableMultiDict
>>> imd = ImmutableMultiDict([('default', u''), ('required', u'on'), ('name', u'short_text'), ('name', u'another'), ('submit', u'Submit')])
>>> imd.to_dict(flat=False)
>>> {'default': [''], 
'name': ['short_text', 'another'],
'required': ['on'],
'submit': ['Submit']}

.to_dict(flat=False) е нещото, което трябва да имате предвид. Вижте съответната документация