Не виждам защо трябва да изтриете индекса. Просто го създайте веднъж в rowid, ако вече не е дефиниран като първичен ключ на всяка от тези таблици, в който случай той вече е индексиран.
И накрая, вместо да изтривате и след това да въвеждате отново данни, може би бихте могли, ако е възможно, да направите актуализация, която ще бъде по-бърза като цяло.