Най-доброто нещо, което трябва да направите, е просто да включите 2 колони без автоматично увеличение в CSV и след това изрично да зададете колоната с идентификатор на NULL в оператора за вложени данни за зареждане.
Нещо като това:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;