Заявката ви връща само 1 ред, което е по-малко от 3500.
Ако искате да ограничите броя на редовете, които се броят, трябва да го поставите в подзаявка.
SELECT COUNT(*)
FROM (
SELECT 1
FROM registrations
WHERE selectedtime IS NULL AND expirationtime < NOW()
LIMIT 3500) AS x