Как да напишете тази сложна заявка в codeigniter?

$this->db->query() функция САМО връща TRUE/FALSE при успех или неуспех. Той НЕ връща набор от резултати от база данни, нито задава таймера на заявката, нито компилира данни за свързване, нито съхранява вашата заявка за отстраняване на грешки. Той просто ви позволява да изпратите запитване. Повечето потребители рядко ще използват тази функция.

Опитайте по този начин:-

$sql  = "SELECT 
        a.ar, 
        a.jabatan, 
        COUNT(*) AS JumlahWPBaru, 
        SUM( 
            CASE WHEN a.no_shim IS NOT NULL 
            THEN 1 
            WHEN a.no_shim IS NULL 
            THEN 0 
            END ) AS JumlahHimbauan
        FROM (

        SELECT 
            a.ar, 
            c.jabatan, 
            a.npwp, 
            a.kpp, 
            a.cab, 
            a.namawp, 
            b.kd_shim, 
            b.no_shim, 
            b.tgl_shim
        FROM mfwpbudi a
        LEFT JOIN tb_shimbauan b ON ( a.npwp = b.npwp ) 
        LEFT JOIN easystp_user c ON ( SUBSTR( a.ar, 1, 9 ) = c.id_user ) 
        WHERE a.tanggal_daftar >  '2013-12-31'
        AND c.jabatan =  '05E'
        ) AS a
        GROUP BY a.ar";

$query = $this->db->query($sql);
$result = $query->result_array();
return $result;