Премахнете наклонените черти в mysql заявката на node js

Не трябва сами да добавяте кавички около ? заместител. Премахнете ги.

Трябва също да предавате масив, а не низ. Ако приемем, че това е чист низ, можете просто да използвате split .

connection.query(
      "delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
      " and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
      function (err, rows) {