Защо имате нужда от Connector/C, създаден с Cygwin? Няма ли нормалният win32 libmysql.dll да е достатъчен?
Някои идеи за компилирането му:
а) опитвате се да компилирате Connector/C с gcc като C++ компилатор, по-добре не го правете. Използвайте g++.
б) cmake . -DSKIP_SSL=1 (разглеждането в CMakeLists.txt предполага, че ще премахне yassl)
И да, MySQL изостави cygwin (и не го поддържа от много години). Не знам какво може да накара Oracle да го активира отново, в момента те са по-скоро в намаляване на поддръжката на платформа (например HPUX и AIX са изоставени). Освен това лично аз не бих видял голяма стойност в порта Cygwin, това не е най-горещата платформа, стига да можете да използвате собствен порт за Windows.