В MySQL не можете да избирате от таблица, от която изтривате едновременно. Но с временна таблица можете да преодолеете този проблем
DELETE FROM `users_acl`
WHERE userID IN
(
SELECT * FROM
(
SELECT userID
FROM `users_acl`
GROUP BY userID
HAVING COUNT(userID) > 1
AND SUM(`acl` = 4) > 0
) tmp
);
или използвайте join
вместо това
DELETE u
FROM `users_acl` u
JOIN
(
SELECT userID
FROM `users_acl`
GROUP BY userID
HAVING COUNT(userID) > 1
AND SUM(`acl` = 4) > 0
) tmp on tmp.userID = u.userID