Теоретично да. На практика първо трябва да получите (или да създадете сами) клас, извлечен от System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator
който ще отговаря за генерирането на SQL за MySQL. Тук
е повече за персонализиране (или пренаписване) на SQL генериране.
Можете също да изчакате, докато разработчиците на EF, поддържащи ADO.NET доставчици, включат тази функция в своите пакети. Например Devart вече започна работа по поддръжката за миграции за техните Oracle, MySQL, PostgreSQL и SQLite.