как да импортирам csv файл в mysql от приложение hibernate+spring?

Не съм сигурен, че имам достатъчно информация, за да отговоря напълно на въпроса ви, но функциите за Native Query на Hibernate може да ви позволят да заредите файл по този начин.

session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();