Spring data JPA само един съставен ключ е проблем с автоматично увеличение

Вашият JPA @Id не е необходимо да съответства на колоната(ите) на базата данни PK. Докато е уникален, това е всичко, което има значение.

От https://en.wikibooks.org/wiki/Java_Persistence/Identity_and_Sequencing :

Тъй като вашата колона за автоматично увеличение е гарантирана, че е уникална, просто използвайте gender_key като @ID и карта ID като нормална колона.

@Entity
@Table(name = "employee")
public class employee {

   @Id
   @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) 
   private int genderKey;

   @Column
   private int id;

}

Честно казано обаче ще намеря вашата схема за объркваща.

Предлагам също да прочетете следното:

https://www.javatpoint.com/java-naming-conventions