Заявката за суми на Mysql връща неправилен резултат при използване на множество обединявания

Използвайте сумите директно, защото вашите съединения вероятно създават повече редове в комбинация, която искате.

Опитайте следното:

SELECT id, MAX(Total) as FinalTotal ,MAX(Payment) as FinalPayment
FROM si_invoices a 
    left join 
    (select invoice_id, sum(total) as Total from si_invoice_items group by invoice_id) b 
    on a.id = b.invoice_id
    left join
    (select ac_inv_id, sum(payment) as Payment from si_payment group by ac_inv_id) c 
    on c.ac_inv_id = a.id 
group by id

или ако идентификаторът е уникален:

    SELECT *
FROM si_invoices a 
    left join 
    (select invoice_id, sum(total) as Total from si_invoice_items group by invoice_id) b 
    on a.id = b.invoice_id
    left join
    (select ac_inv_id, sum(payment) as Payment from si_payment group by ac_inv_id) c 
    on c.ac_inv_id = a.id