Бих казал, че можете да вмъкнете множество индекси в свойството indexes (но не съм имал време да го тествам):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Надявам се това да ви помогне