Изглежда, че сте в Windows:грешката ENFILE основно казва, че имате твърде много отворени файлове. Не съм съвсем сигурен как точно го заобикаляте:като цяло е някъде между 512 и 2048 в процес .
Бих предложил да преместите всички файлове от директорията с данни на MySQL и да се опитате да ги възстановите един по един.