Според един от отговорите на това въпрос, проблемът ви може да е причинен от промени в MySQL 5.6 (вижте бележките на InnoDB на http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):
Помага ли, ако промените innodb_log_file_size
до нещо по-голямо от 50M? (Промяната на тази променлива изисква някои стъпки, за да работи правилно: