Винаги използвайте InnoDB по подразбиране.
В MySQL 5.1 по-късно трябва да използвате InnoDB. В MySQL 5.1 трябва да активирате приставката InnoDB . В MySQL 5.5 плъгинът InnoDB е активиран по подразбиране, така че просто го използвайте.
Съветът преди години беше, че MyISAM е по-бърз в много сценарии. Но това вече не е вярно, ако използвате текуща версия на MySQL.
Може да има някои екзотични ъглови случаи, при които MyISAM се представя незначително по-добре за определени работни натоварвания (например сканиране на таблици или работа само с голям обем INSERT), но изборът по подразбиране трябва да бъде InnoDB, освен ако не можете да докажете имате случай, че MyISAM се справя по-добре.
Предимствата на InnoDB освен поддръжката за транзакции и външни ключове, която обикновено се споменава, включват:
- InnoDB е по-устойчив на повреда на таблицата от MyISAM.
- Заключване на ниво ред. В MyISAM читателите блокират писатели и обратно.
- Поддръжка за голям буферен пул както за данни, така и за индекси. MyISAM ключов буфер е само за индекси.
- MyISAM е в застой; цялото бъдещо развитие ще бъде в InnoDB.
Вижте също моя отговор на MyISAM срещу InnoDB