Обединете таблицата в зависимост от стойността на колоната в основната таблица

Нещо като

SELECT *
FROM notificationTable notification   
LEFT JOIN commentTable comment
ON (notification.typeID = comment.ID AND notification.type == 'comment')
LEFT JOIN evenTable event
ON (notification.typeID = event.ID AND notification.type == 'accept')
WHERE notification.userID = 2

Но силно препоръчвам да преработите системата си, за да избегнете полиморфна връзка...