В Codeigniter 3.0.3 можете да го направите просто по следния начин:
$this->db->select()
->from('users')
->where('name !=', 'Joe')
->group_start() // Open bracket
->where('age <', 69)
->or_where('id <', $id)
->group_end(); // Close bracket
Може би може да помогне