Не знам дали Mongoose 5.0.0 трябва да поддържа Arrayfilters от кутията, но можете да го постигнете, като използвате командния метод на Mongoose, който се изпълнява директно на MongoDB, следователно може да използва всички налични функции, включително ArrayFilters на MongoDB 3.6.1
Пример:
mongoose.connection.db.command({
update: <YourModel>.collection.name,
updates: [
{
q: { 'field1.field2._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
u: {
$set: { 'field1.$.field2.$[field].fieldToUpdate': "updated!" },
},
arrayFilters: [
{ 'field._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
],
},
],
})