За щастие mongodump 3.0 приема опции за пропускане на определени колекции.
Това реши проблема ми, че нямам администраторски достъп до базата данни, за да променя разрешенията. Моля, имайте предвид, че вече няма да създавате пълни резервни копия.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
или
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system