Можете да използвате $
позиционен оператор за идентифициране на първия елемент от масива, който да съответства на заявката в актуализацията по следния начин:
db.VariantEntries.update({
"pos": 17060409,
"sampleID": "Job1373964150558382243283",
"information.name":"Category"
},{
$set:{'information.$.value':'11'}
})