Не е необходимо да съхранявате междинни файлове, можете да препратите изхода на s3 файл към stdout и можете да получите вход към mongoimport от stdin.
Пълната ви команда ще изглежда така:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
обърнете внимание на - което казва изпращане на файла към stdout вместо към име на файл.