Самообръщащата се схема на Mongoose не създава ObjectId за всички поддокументи

Трябва да изградите нов обект, когато декларирате своя вграден CollectPoint елементи:

var data = new CollectPoint({
    name: "Level 1",
    collectPoints: [
        new CollectPoint({
            name: "Level 1.1",
            collectPoints: []
        })
    ]
});

По този начин _id и collectPoints ще бъде създаден чрез екземпляр на CollectPoint в противен случай просто създавате обикновен JSONObject.

За да избегнете подобни проблеми, създайте валидатор за вашия масив, който ще задейства грешка, ако елементите му имат грешен тип:

var CollectPointSchema = new mongoose.Schema({
    name: { type: String },
    collectPoints: {
        type: [this],
        validate: {
            validator: function(v) {
                if (!Array.isArray(v)) return false
                for (var i = 0; i < v.length; i++) {
                    if (!(v[i] instanceof CollectPoint)) {
                        return false;
                    }
                }
                return true;
            },
            message: 'bad collect point format'
        }
    }
});

По този начин следното ще задейства грешка:

var data = new CollectPoint({
    name: "Level 1",
    collectPoints: [{
        name: "Level 1.1",
        collectPoints: []
    }]
});