Как да коригирате грешка с твърде много отворени файлове при агрегиране на милиарди записи

Няма ясен отговор за това, тъй като правите нещо много тежко, но има заобиколно решение

ulimit е команда в unix/linux, която позволява да се задават системни ограничения за всички свойства.

във вашия случай трябва да увеличите макс. не. броя на отворените файлове или го направете неограничен от по-безопасна страна (препоръчва се и от MongoDB)

ulimit -n <large value in your case 1000000>

or 

sysctl -w fs.file-max=1000000

and

/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change 

fs.file-max = 1000000