Операция за актуализиране на Mongodb вътре в подмасив

Не искате да използвате $set тук, но $pull (вижте документи ), и докато можехте използвайте $elemMatch за да уточните допълнително заявката си, не е необходимо.

Следното би изтеглило всички известия за добавяне на приятели с {"sender": "safari"} от подмасива от документи, съответстващи на {"username": "amitverma"}

db.yourcollection.update({"username": "amitverma"}, { 
  $pull: {"notifications.notifications_add_friend": {"sender": "safari"}}
})

Що се отнася до вашия коментар, ако искате да актуализирате определен елемент, ще го направите използвайте $set в комбинация с $elemMatch и позиционен оператор $ . За вашия пример, нещо като:

db.yourcollection.update({
  "username": "amitverma", 
  "notifications.notifications_add_friend": {
    $elemMatch: {"sender": "safari"}
  }
}, {
  $set: {
    "notifications.notifications_add_friend.$.isUnread": false
  }
})