За съжаление актуализирането на всички документи в масива не е възможно сега - вижте билета на MongoDB JIRA Използвайте позиционен оператор, за да актуализирате всички елементи в масив .
Можете да актуализирате всеки документ ръчно:
db.MyDB.find({}).forEach(function(doc) {
doc.myArray.forEach(function(item) {
if (item.b === true)
item.b = false;
});
db.MyDB.update({ "_id": doc._id }, { "$set": { "myArray": doc.myArray }});
});