Наистина мога да възпроизведа това. Използване на уникален индекс за 2dsphere не е нещо, което според мен трябва да бъде подкрепено. Разделителната способност на индекса не е достатъчно висока, за да видите, че вашите две точки не са еднакви. Нашата реализация на индекса S2 използва само „клетки“ с минимална страна 500 м и вашите точки са на около 65 метра разстояние една от друга.
Има завладяваща презентация на https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 това обяснява как работи индексът.
Засега обаче не мисля, че има решение на вашия проблем, но ще направя още малко проучване.
