Опцията „notablescan“, както спомена @ghik, ще ви попречи да изпълнявате заявки, които са бавни поради неизползване на индекс. Тази опция обаче е глобална за сървъра и не е подходяща за използване в производствена среда. Освен това няма да ви предпази от друг източник на бавни заявки освен сканирането на таблици.
За съжаление, не мисля, че има начин директно да направите това, което искате в момента. Има билет на JIRA, който предлага добавянето на параметър на заявка $maxTime или $maxScan, което звучи сякаш би ви помогнало, така че, моля, гласувайте за него:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .
