Подходът ви е основно правилен. Въпреки това не бих счел такава колекция като "огромна" Можете да стартирате нещо подобно от обвивката:
coll.find({}).forEach(function (doc) {
doc.flag = Math.floor((Math.random()*2)+1);
coll.save(doc);
});
В зависимост от вашата MongoDB версия, конфигурация и натоварване, това може да отнеме нещо между няколко минути до няколко часа
Ако искате да извършите тази актуализация групово, използвайте някои условия в документа си със заявка, нещо като coll.find({"aFiled" : {$gt : minVal}, "aFiled" : {$lt : maxVal}})
