Тъй като поддокументите са основно полета в основния документ, всички техни актуализации също са атомарни.
MongoDB има транзакции на документ и това се отнася за целия документ, включително неговите поддокументи.
Трябва да се отбележи, че не само findAndModify е атомно. Всяка операция върху един документ, независимо дали е update() или remove() е атомно.