Ако наистина трябва да имате транзакции в множество типове документи (в отделни колекции), начинът да постигнете това е с една таблица, която съхранява действията, които трябва да предприемете.
db.actions.insert(
{ actions: [{collection: 'players', _id: 'p1', update: {$set : {name : 'bob'} } },
{collection: 'stories', _id: 's1', update: {$set : {location: 'library'} } }], completed: false }, callback);
Това вмъкване е атомно и всичко се прави наведнъж. След това можете да изпълните командите в колекцията „действия“ и да ги маркирате като завършени или да ги изтриете, докато ги изпълнявате, извиквайки първоначалното си обратно извикване, когато всички са завършени. Това работи само ако вашият цикъл за обработка на действия е единственото нещо, което актуализира db. Разбира се, ще трябва да спрете да използвате mongoose, но колкото по-рано го направите, толкова по-добре ще бъдете.