Spring Data Mongo:upsert с различни актуализирани полета

Вярвам, че това, което търсите, е $setOnInsert за subdocument1 . Така че нещо подобно трябва да работи за вас.

Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
                .set("field1", "value1")
                .set("field2", "value2")
                .set("subdocument2", subdocumentObject2)
                .setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);

Повече тук https://docs.mongodb.com/manual/reference/ оператор/актуализация/setOnInsert/