Можете да деактивирате _id поле чрез изрично дефиниране на tournamentSessions масив със собствена схема, така че да можете да зададете неговия _id опция за false :
var Player = mongoose.model('Player', Schema({
createdAt: { type: Date, default: Date.now },
lastActiveAt: Date,
clientVersion: String,
tournamentSessions: [new Schema({
tournament: { type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Tournament' },
level: Number,
status: String,
score: Number
}, { _id: false })],
friends: Array
}));