Как мога да сортирам, че нулите са последно подредени в mongodb?

Може би можете да използвате агрегиране и изкуствено висока крайна дата:

c = db.foo.aggregate([
{$project: {
            next_time: 1,
            nlt: { $ifNull: [ "$next_time", new ISODate("9000-01-01") ] }
  }     
}
,
{$sort: { "nlt": 1}}
                  ]);
c.forEach(function(r) { printjson(r); });

Като алтернатива, ако по-голямата част от материала има нулеви стойности и изобщо не искате да се занимавате с тези документи, тогава ги филтрирайте и просто $sort остатъкът:

db.foo.aggregate([
{$match: {"nt": {$exists: true}}}
,
{$sort: { "nt": 1}}
                 ]);