Друга идея, TimeOut на всяка SqlCommand също се контролира индивидуално, така че можете да го контролирате със свойството CommandTimeOut.
command.CommandTimeout = 120;
Въпреки това, бих проверил плана за изпълнение, за да видя къде губи или изчерпва db ресурси, предлагам това само за експеримент, а не при производство.