Как да съпоставим SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS с помощта на IN оператор

...
NOT IN (SELECT email COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS AS email FROM Customer)

По същество битът за сортиране следва името на колоната.

Или това (зависи кое искате):

SELECT * FROM #temp WHERE email collate SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS NOT IN (SELECT email FROM Customer) 

И накрая, ако вашата база данни е SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS, една опция е да използвате ...COLLATE Database_Default... за да принудите към настройка по подразбиране.