Получих ясен отговор от Microsoft тук http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 за уеб не поддържа новите инструменти за данни на Sql Server. За да работите с проект на база данни (конвертиране от стария dbproj или създаване на нов проект от нулата), трябва да използвате Visual Studio 2010 Shell. Грешките, които получих от съхранените процедури, бяха причинени, защото sql скриптовете не бяха правилно импортирани. Старият dbproj имаше sql скриптове в произволни папки. Решението беше да изключа всички sql скриптове от проекта, който току-що бях конвертирал от dbproj, след което да импортирам отново sql скриптовете. Когато направите това, проектът ги разпознава и не поражда грешки.
