В подзаявката срещу обикновена (нерекурсивни) CTE версии, те вероятно са много сходни. Ще трябва да използвате профайлъра и действителния план за изпълнение, за да забележите каквито и да било разлики и това би било специфично за вашата настройка (така че не можем да ви кажем пълния отговор).
Общо взето; CTE може да се използва рекурсивно; подзаявка не може. Това ги прави особено подходящи за дървесни структури.